Indonéziu tvorí 17 508 ostrovov, z ktorých je asi 6000 obývaných.Ostrovy sa rozkladajú na oboch stranách rovníka. Najväčšími sú Jáva, Sumatra, Kalimantan (indonézska časť Bornea), Nová Guinea (zdieľaná s Papuou-Novou Guineou) aCelebes. Na pevnine susedí Indonézia s Malajziou na ostrovoch Borneo a Sebatik; s Papuou-Novou Guineou na ostrove Nová Guinea a s Východným Timorom na ostrove Timor.  

Na severe susedí cez morské úžiny tiež s Filipínami a Singapurom a na juhu s Austráliou. Hlavné mesto Jakarta sa nachádza na Jáve a je najväčším mestom Indonézie. Ďalšími veľkými mestami Indonézie sú Surabaya, Bandung, Medan a Semarang.